在公元1647年（顺治四年）的六月初一这天，清军一路追杀方国安，直到追到了蒿坝这个地方。此时，方国安的侄子方元科挺身而出，带领着一支军队留下来断后，与清军展开了激烈的战斗。他们成功地将清军击退，但不幸的是，这只是一场短暂的胜利。

四天后的初四，方国安的残兵败将逃到了黄岩。而清军则紧追不舍，迅速截断了方部明军的退路。面对这种绝境，方元科想要杀尽将士们的妻妾，然后与清军决一死战。然而，早已失去斗志的越国公方国安却阻止了他侄子的疯狂举动，并决定率领残部向清军投降。

方元科等将领见大势已去，无奈之下只能选择跟随方氏叔侄一同投降。这次投降的规模相当庞大，其中包括总兵、副总兵数十人，还有五百名骑兵以及七千多名步兵。这些降军后来被清政府改编成了绿营兵。

清军统帅博洛亲自坐镇指挥，率领满、汉大军马不停蹄地从绍兴赶往金华，并迅速将金华城严密包围起来。面对气势汹汹的敌人，城内的明军并没有退缩，他们在朱大典的指挥下顽强抵抗。而博洛见久攻不下，便急调杭州的红衣大炮前来助战，这些火炮开始猛烈轰击金华城墙。

在清军拥有绝对优势的兵力压制之下，金华城仍然坚持了二十多天之久。然而，尽管守城军民奋勇抵抗，但在敌我力量悬殊的情况下，这样的坚守已经无法改变大局。到了七月十六日这一天，清军终于成功攻破了金华城。

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此时，督师大学士朱大典深知大势已去，他毅然决然地带领着自己的亲属和亲信将领决心以死殉国。他们用绳索紧紧捆住火药桶，然后点燃了引线，随着一声巨响，他们与清兵同归于尽。与此同时，清军也进入了金华城中。他们借口城民不顺从，对这座城市展开了惨无人道的屠杀。

就这样，鲁监国军队的主力已经损失殆尽，不复存在。不过鲁王朱以海仍在，在金华失陷前，他在少数人的保护下逃到了浙东海上的舟山群岛，继续坚持抗清斗争，不过已经对清朝的统治造不成实际威胁了。

王之仁眼见大势已去，便带领着一部分士兵乘坐几百艘船只，携带大量物资从蛟门出海前往舟山，准备与肃虏伯黄斌卿会师共同行动。然而，让王之仁万万没有想到的是，黄斌卿竟然向他们开火，趁机抢夺了王之仁的战船。王之仁对黄斌卿这种背信弃义、趁火打劫的行为感到无比愤恨，于是将家人九十三人所乘的船只凿沉，导致全家老小全部溺水身亡。然后，他独自留下一艘大船，竖起大旗，径直驶向吴淞江口。当地的清兵误以为他是前来投降的明朝高官，不敢有丝毫怠慢，立刻将他送往南京。

王之仁见到清廷招抚江南大学士洪承畴的时候，大义凛然，慷慨激昂地说道：“国家灭亡，我应当去死，就怕被葬身鱼腹，死得不明不白，让后世的历史无法为我证明清白，所以前来只想死个明白罢了！”

洪承畴听后，一开始还以己度人，认为王之仁只是效仿自己当年松山之战的旧计，故意作秀而已，便对他礼遇有加，好言相劝，希望他能够像自己一样剃发投降。

然而，王之仁却毫不犹豫地拒绝了洪承畴的提议，并破口大骂道：“你这狗贼，背叛祖国，侍奉仇人，先帝曾经给你高官厚禄，建立庙宇祠堂祭祀你，庇佑你的子孙后代。可你竟然忘恩负义，拿起武器入侵我们的家园，铲平我们的陵墓，烧毁我们的宗庙。你的罪行简直比李陵和卫律还要严重！”