此后，在近一个月的时间里，日军对当地排湾族原住民，烧杀抢掠，进行了超越限度的“报复”行动。

排湾族各社，对侵略者进行了顽强的抵抗。但实力相差实在悬殊。在付出了惨痛的代价后，各社最终被迫相继归伏。

随后，日军在登陆处附近建立“台湾都督府”，同时修桥、筑路、建立设施。企图长期霸占，建立殖民地。

清廷这边，虽然早已得到陈济方的预警，但却反应迟钝。总理衙门先是向日本发出照会，诘问其侵台行为，并要求其尽快撤军。

如此与虎谋皮，自然无果。清廷这才想起布置防御，但已慢了一拍。当圣旨传到福州时，日军已然在登陆之中。

清廷传下旨意，命沈葆桢为钦差大臣，总理台湾防务，并兼任总理衙门大臣。

同时也授陈济方为钦差，令其襄办海防，亦兼总署之职。

终于得到了朝廷的明确指示，沈葆桢也是松了一口气。他一面抓紧部署，调度军力，准备赴台。一面与陈济方频繁发报，商讨对策。

到了这时，所有的盖布都已掀开，陈济方也就不再客气。他随即正式抛出了，他的应对方案。并请沈葆桢与他一起，联袂上奏。

陈济方的方案是：封锁台湾，困贼莫归；诘问琉球，震慑东瀛；照会列国，声讨不义。

他同时还提出，应该立即停止与日本的一切交涉。直到日本服输，自行前来求和，再视其情形，另作议论。

并且还要对美国进行外交施压，迫使其撤回参与日军行动的人员和船只。

沈葆桢对陈济方的方案，大部分表示赞同。但对其中“困贼莫归”和“不与日本交涉”两项，感到有些为难。

“困贼莫归”，就是要围困住侵台日军，不让他们跑了，还要将其控制住，作为将来谈判的筹码。

沈葆桢担心，自己手中的战力不足，恐无法完成这项任务。他更怕日军被围后，狗急跳墙，最后难以收拾。

而与日本交涉一项。他认为还是应该主动尝试外交努力，如能让日本主动撤军，得以息事宁人，不是更好么。

陈济方为了说服他，反复发报，苦口婆心。还承诺，必要时可派商团协助。又恰逢期间，李鸿章也表示愿意派出淮军，助沈葆桢守台。