光绪十二年时，就在两江防卫军陆军进行了大规模的编制改革后不久，海军陆战队也进行了类似的整顿，而且调整的程度更为彻底。

原本在体制上师从陆军的陆战队，在经此变革后，其编制已经与陆军截然不同了。

新编制仍然采取以四单位制为主体的结构，取消了“支队”级单位，而是与“中队”级进行了融合，并在最上级增设了“纵队”级单位。

调整后，海军陆战队各级单位的编成，大体如下。

最基层的是小队，由十二人编成。以一名军士长任小队长，配有一名小队副和十名士兵。

小队之上即为中队，由一名中尉任中队长，另设有中队副一名。

中队内辖有四个小队，还包含有负责通讯和其他杂务的直属勤务兵，共计五十四名官兵。

中队之上为大队，共编有四百九十余人。

每个大队设一名少校大队长，另有大队副一名，多名参谋，一个班级别的勤务队和四个中队，并编有一个类似陆军排级别单位的机关炮队。

大队以上就是联队，由一名上校担任联队长，另设联队副和参谋长各一名，以及若干名参谋。下辖四个大队，外加一个尖兵中队。

联队内另编有一个排级别的勤务队，还有连级别的野战炮队、机关炮队、工兵队等各一个，作战人员共计两千五百余人。

纵队是防卫军海军陆战队中，最高级别的作战单位。纵队长为少将军衔，配有纵队副长和参谋长各一名，以及十余名参谋人员。

每个纵队共有作战官兵一万两千三百余名，下辖四个联队和一个尖兵大队。

并配属有连级别的勤务队和宪兵队各一个，营级别的野战炮队、机关炮队和工兵队等各一个。

因为海军陆战队在执行作战任务时，往往能够得到海军战舰的火力支持，所以其内部并未组建专门的重炮单位。

在常备兵力上，海军陆战队平时会保持有两个纵队的编制，共计两万五千余人。